Do obsługi nowych wzorów JPK_VAT (3) , niezbędne jest zaktualizowanie oprogramowania. Producenci dostosowują programy finansowo-księgowe i wprowadzają do sprzedaży odpowiednie aktualizacje. Od 1 stycznia 2018 rejestrów VAT nie można już prowadzić ręcznie poza programami komputerowymi, a obowiązek składania JPK_VAT ciąży na wszystkich podatnikach VAT. Dużą zmianą w wersji (3) struktury JPK_VAT jest wprowadzenie zasady numerowania składanych korekt plików JPK. W obowiązującej jeszcze za 2017 rok wersji, wystarczyło wskazać, czy składany plik JPK_VAT jest składany po raz pierwszy lub czy jest korektą wcześniej składanego pliku. W nowej wersji przewidziano możliwość złożenia do 999 korekt. Ciekawą zmianą jest także wprowadzenie pola, w którym podatnik może wskazać adres e-mail, do przesyłania informacji zwrotnych przez służby skarbowe. Na tym przykładzie bardzo dobrze widać, że służby skarbowe stawiają na komunikację w formie elektronicznej: pozwala to skrócić czas wymiany informacji z podatnikiem i znacznie ograniczyć jej koszty.